Zambrano Silva Samuel Ricercatore a tempo determinato seniorMedicinaFIS/07 Fisica applicata (a beni culturali, ambientali, biologia e medicina)

Biografia

Pubblicazioni

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Biografia

TITOLI DI STUDIO

2003: Laurea in fisica, Università Complutense, Madrid (Spagna)

2006: Master in scienze della computazione e modellizzazione matematica, Università Rey Juan Carlos, Madrid (Spagna).

2007: Dottorato di ricerca in fisica, Università Rey Juan Carlos, Madrid (Spagna).

INCARICHI

2003-2017: Universidad Rey Juan Carlos, Madrid (Spagna).

Gruppo di Dinamica Non Lineare, Caos e Sistemi Complessi del Prof. Miguel A.F. Sanjuán.

  • 2003-2007 Studente di dottorato.
  • 2007-2009 Profesor ayudante doctor: ricercatore e docente (tempo determinato).
  • 2009-2011 Profesor contratado doctor: ricercatore e docente (tempo indeterminato), in congedo tra il 2011 e il 2017.

2011-oggi: Università Vita-Salute San Raffaele e Ospedale San Raffaele.

Gruppo di Trascrizione e Cromatina in Cellule vive della Dssa. Alessandra Agresti, nell’Unità Dinamica della Cromatina del Prof. Marco E. Bianchi.

  • Marzo 2011 – Marzo 2012: Postdoc selezionato nel primo “San Raffaele International Postdoctoral Programme”.
  • Marzo 2012 – Marzo 2014: Borsista Marie Curie.
  • Marzo 2014 – Marzo 2017: Postdoc.
  • Aprile 2017 – Ottobre 2017: Assegnista di ricerca.
  • Ottobre 2017 – oggi: Ricercatore a tempo determinato senior.

RICERCA

Mi sono formato nell’ambito della dinamica non lineare e del caos, specializzandomi nel controllo del caos e nell’analisi di serie temporali. Dal mio arrivo al San Raffaele mi sono focalizzato sulle applicazioni di queste idee nella biologia quantitativa e dei sistemi. In particolare mi sono dedicato alla dinamica del fattore di trascrizione NF-kB in singole cellule e al suo ruolo nel controllo della trascrizione.
FINANZIAMENTI

Partecipazione come postdoc senior in un progetto finanziato nel bando 2016 dell’AIRC (Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro). Titolo: “NF-kB in motion: role of NF-kB dynamics in Multiple Myeloma and stromal cells interactions”. PI: Alessandra Agresti. Da Gennaio 2017.

Marie Curie Intra-European Fellowship (IEF) per una borsa postdoc all’Università Vita-Salute San Raffaele:”Role of Nonlinear Dynamics of NF-kB in Inflammation” (2012).

–  Partecipazione a progetti di ricerca in Spagna: due progetti spagnoli (BFM2003-03081 e FIS2006-08525) uno europeo (HI03-207) e due co-finanziati della regione di Madrid e Universidad Rey Juan Carlos (URJC-CM-2006-CET-0643 and URJC-CM-2007-CET-1601).


PARTECIPAZIONE AD ASSOCIAZIONI PROFESSIONALI

Socio della Società Italiana di Biofisica e Biologia Molecolare (SIBBM) dal 2016.


ATTIVITÀ DIDATTICA

2006-2011: UNIVERSIDAD REY JUAN CARLOS, MADRID (SPAGNA)

Coordinatore e docente in diversi corsi di Fisica per le lauree in ingegneria e per la laurea di scienze ambientali dell’università. Docente dei corsi di dottorato nell’ambito della dinamica non lineare e dei sistemi complessi.

2011-2017: UNIVERSITÀ VITA-SALUTE SAN RAFFAELE, MILANO (ITALIA)

2013/2014 – oggi: Docente, Espressione Genica in 4D. Laurea triennale in Biotecnologie Mediche e Farmaceutiche.

2013/2014 – oggi: Tutor, Biologia cellulare e molecolare. Laurea in Medicina e Chirurgia e International MD program.

2014/2015 – oggi: Docente, Medical Physics. International MD program.

2015/2016 – oggi: Docente, Genetica e Biologia dello sviluppo. Laurea in Medicina e Chirurgia.

2016/2017 – oggi. Coordinatore, Fisica. Laurea in Biotecnologie Mediche e Farmaceutiche.

Pubblicazioni

Sono autore di oltre 30 pubblicazioni in riviste internazionali.  Pubblicazioni selezionate:

E. Ramos-Marquès, Samuel Zambrano, A. Tiérrez, M. E. Bianchi, A. Agresti and F. García-del Portillo. “Single-cell analyses reveal an attenuated NF-kB response in the Salmonella-infected fibroblast”. Virulence 8:6, 719-740 (2017).

Samuel Zambrano, I. De Toma, A. Piffer, M. E. Bianchi and A. Agresti. “NF-kB oscillations translate into functionally related patterns of gene expression”. eLife 5:e09100 (2016).

R. Meucci, S. Euzzor, E. Pugliese, Samuel Zambrano, M.R. Gallas and J.A.C. Gallas. “Optimal Phase-Control Strategy for Damped-Driven Duffing Oscillators”. Phys. Rev. Lett. 116, 044101 (2016).

Samuel Zambrano, Marco E. Bianchi, Alessandra Agresti and Nacho Molina. “Interplay between stochasticity and negative feedback leads to pulsed dynamics and distinct gene activity patterns”. Phys. Rev. E 92, 02271 (2015).

Samuel Zambrano, M. E. Bianchi, A. Agresti. “A simple model of NF-kB dynamics reproduces experimental observations” Journal of Theoretical Biology, 347(21) 44-53 (2014).

Samuel Zambrano, M. E. Bianchi, A. Agresti. “High-Throughput Analysis of NF-kB Dynamics in Single Cells Reveals Basal Nuclear Localization of NF-kB and Spontaneous Activation of Oscillations”. PLoS ONE 9(3): e90104(2014).

J. Sabuco, Samuel Zambrano, M. A. F. Sanjuán, and James A. Yorke. “Finding safety in partially controllable chaotic systems”. Commun. Nonlinear Sci. Numer. Simulat., 17:4274-4280 (2012).

Samuel Zambrano, I. P. Mariño, J. M. Seoane, M. A. F. Sanjuán, S. Euzzor, A. Geltrude, R. Meucci and F. T. Arecchi, “Synchronization of uncoupled excitable systems induced by white and coloured noise”. New Journal of Physics, 12 053040 (2010).

Samuel Zambrano, M. A. F. Sanjuán and J. A. Yorke, “Partial Control of Chaotic Systems”. Phys. Rev. E 77, 055201(R) (2008).

J. M. Amigó, Samuel Zambrano and M. A. F. Sanjuán. “True and false forbidden patterns in deterministic and random dynamics”, Europhys. Lett. 79, 50001 (2007).

English version

EDUCATION / TRAINING

2003: B. Sc. Physics, Universidad Complutense, Madrid (Spain)

2006: MAS in Computer Science and Mathematical Modeling, Universidad Rey Juan Carlos, Madrid (Spain).

2007: Ph. D. Physics, Universidad Rey Juan Carlos, Madrid (Spain).


POSITIONS HELD

2003-present: Universidad Rey Juan Carlos, Madrid (Spain).

Nonlinear Dynamics, Chaos and Complex Systems Group led by Prof. Miguel A. F. Sanjuán.

  • 2003-2007 Ph.D. student.
  • 2007-2009 Profesor ayudante doctor (Assistant Professor).
  • 2009-2011 Profesor contratado doctor (step next to Assistant Professor).
  • 2011-March 2017. Leave of absence.


2011-present: San Raffaele University and Scientific Institute (SRSI).

In Vivo Chromatin and Transcription Group, led by Dr. Alessandra Agresti, in the Chromatin Dynamics Unit led by Prof. Marco E. Bianchi.

  • March 2011 – March 2012 Postdoctoral fellow (Selected in the first SRSI International Postdoctoral Programme).
  • March 2012 – March 2014 Marie Curie IEF Research Fellow.
  • March 2014 – March 2017 Postdoctoral fellow.
  • April 2017 – October 2017. Research fellow at San Raffaele University.
  • October 2017 – Today. Assistant Professor at San Raffaele University.

RESEARCH INTERESTS

I started my scientific career in the fields of nonlinear dynamics and chaos, with a focus in the control of chaotic dynamics and in analysis of time series. Since I arrived to San Raffaele, I have been focusing on applications in quantitative and systems biology, in particular to understand the dynamics of NF-kB in single cells and its role in the control of transcription.


GRANTS

– Marie Curie Intra-European Fellowship (IEF) for a postdoctoral project at San Raffaele University (Milan, Italy) “Role of Nonlinear Dynamics of NF-kB in Inflammation” (Grant Agreement 298447) (2012)

– Participation as a senior postdoc in the project funded within the 2016 Call for proposals by AIRC (Italian Association for Cancer Research). Title of the project: “NF-kB in motion: role of NF-kB dynamics in Multiple Myeloma and stromal cells interactions”. PI: Alessandra Agresti. From January 2017.

– Participation in research projects: two Spanish National research projects (BFM2003-03081 and FIS2006-08525) one European project (HI03-207) and two research projects co-funded by the Madrid Region and Universidad Rey Juan Carlos (URJC-CM-2006-CET-0643 and URJC-CM-2007-CET-1601).


MEMBERSHIPS

– Member of the Italian Society of Molecular Biology and Biophysics since 2016.


TEACHING ACTIVITIES

2006-2011: UNIVERSIDAD REY JUAN CARLOS, MADRID (SPAIN)

Coordinator and lecturer in different physics courses for engineering and environmental sciences in the university. I also participated as lecturer in different courses in the university’s graduate program on nonlinear dynamics and complex systems.

2011-2017: SAN RAFFAELE UNIVERSITY (ITALY)

2013/2014 – today: Lecturer, Gene Expression in 4D. Degree in Biotechnology (Italian).

2013/2014 – today: Tutor, Cell and Molecular Biology. MD program (Italian and English).

2014/2015 – today: Lecturer, Medical Physics. International MD program (English).

2015/2016 – today: Lecturer, Genetics and Developmental Biology. MD program (Italian).

2016/2017 – today: Coordinator: Physics. Degree in Biotechnology (Italian).


Publications

I am the author of more than 30 publications in international journals. Selected publications:

 

E. Ramos-Marquès, Samuel Zambrano, A. Tiérrez, M. E. Bianchi, A. Agresti and F. García-del Portillo. “Single-cell analyses reveal an attenuated NF-kB response in the Salmonella-infected fibroblast”. Virulence Aug 30, 1-22 (2016).

 

Samuel Zambrano, I. De Toma, A. Piffer, M. E. Bianchi and A. Agresti. “NF-kB oscillations translate into functionally related patterns of gene expression”. eLife5:e09100 (2016).

 

Meucci, S. Euzzor, E. Pugliese, Samuel Zambrano, M.R. Gallas and J.A.C. Gallas. “Optimal Phase-Control Strategy for Damped-Driven Duffing Oscillators”. Phys. Rev. Lett. 116, 044101 (2016).

 

Samuel Zambrano, Marco E. Bianchi, Alessandra Agresti and Nacho Molina. “Interplay between stochasticity and negative feedback leads to pulsed dynamics and distinct gene activity patterns”. Phys. Rev. E 92, 02271 (2015).

 

Samuel Zambrano, M. E. Bianchi, A. Agresti. “A simple model of NF-kB dynamics reproduces experimental observations” Journal of Theoretical Biology, 347(21) 44-53 (2014).

 

Samuel Zambrano, M. E. Bianchi, A. Agresti. “High-Throughput Analysis of NF-kB Dynamics in Single Cells Reveals Basal Nuclear Localization of NF-kB and Spontaneous Activation of Oscillations”. PLoS ONE  9(3): e90104(2014).

 

Sabuco, Samuel Zambrano, M. A. F. Sanjuán, and James A. Yorke. “Finding safety in partially controllable chaotic systems”. Commun. Nonlinear Sci. Numer. Simulat., 17:4274-4280 (2012).

 

Samuel Zambrano, I. P. Mariño, J. M. Seoane, M. A.  F. Sanjuán, S. Euzzor, A. Geltrude, R. Meucci and F. T. Arecchi, “Synchronization of uncoupled excitable systems induced by white and coloured noise”. New Journal of Physics, 12 053040 (2010).

 

Samuel Zambrano, M. A. F. Sanjuán and J. A. Yorke, “Partial Control of Chaotic Systems”. Phys. Rev. E 77, 055201(R) (2008).

 

M. Amigó, Samuel Zambrano and M. A. F. Sanjuán. “True and false forbidden patterns in deterministic and random dynamics”, Europhys. Lett. 79, 50001 (2007).

Il titolare del presente curriculum vitae, pubblicato online sul portale www.unisr.it, è garante in via esclusiva della correttezza e della veridicità dei dati e delle informazioni in esso riportate e del loro eventuale e puntuale aggiornamento. Egli è dunque il diretto ed unico responsabile dei contenuti indicati nei propri curricula.