Zambrano Silva Samuel Professore AssociatoMedicina02/D1

TITOLI DI STUDIO

2007: Dottorato di ricerca in fisica, Università Rey Juan Carlos, Madrid (Spagna).

2006: Master in scienze della computazione e modellizzazione matematica, Università Rey Juan Carlos, Madrid (Spagna).

2003: Laurea in fisica, Università Complutense, Madrid (Spagna)

INCARICHI

2011-oggi: Università Vita-Salute San Raffaele e Ospedale San Raffaele. Gruppo di Trascrizione e Cromatina in Cellule Vive e Unità Dinamica della Cromatina.

• Ottobre 2020- oggi. Professore associato di fisica (SSD FIS/07).
• Ottobre 2017 – ottobre 2020: Ricercatore a tempo determinato senior (RTD-B, SSD FIS/07).
• Marzo 2014 – Marzo 2017: Postdoc.
• Marzo 2012 – Marzo 2014: Borsista Marie Curie.
• Marzo 2011 – Marzo 2012: Postdoc selezionato nel primo “San Raffaele International Postdoctoral Programme”.

2003-2017: Universidad Rey Juan Carlos, Madrid (Spagna). Gruppo di Dinamica Non Lineare, Caos e Sistemi Complessi del Prof. Miguel A.F. Sanjuán.

• 2009-2011 Profesor contratado doctor: ricercatore e docente (tempo indeterminato), in congedo tra il 2011 e il 2017.
• 2007-2009 Profesor ayudante doctor: ricercatore e docente (tempo determinato).
• 2003-2007 Studente di dottorato.

RICERCA

Mi sono formato nell’ambito della dinamica non lineare e del caos, specializzandomi nel controllo del caos e nell’analisi di serie temporali. Dal mio arrivo al San Raffaele mi sono focalizzato sulle applicazioni di queste idee nella biologia quantitativa e dei sistemi. In particolare, mi sono dedicato alla dinamica del fattore di trascrizione NF-kB in singole cellule e al suo ruolo nel controllo della trascrizione in situazioni fisiologiche e patologiche. Attualmente ho esteso I miei interessi all’analisi di altri fattori di trascrizione come p53, e più in generale alla modellizzazione matematica e la caratterizzazione quantitativa dei processi biologici.

FINANZIAMENTI/ PARTECIPAZIONE A PROGETTI

- Collaboratore principale del progetto: “New preclinical and clinical approaches to mesothelioma, an archetypal inflammatory tumor”. Ministero della Salute. PI: Marco E. Bianchi. Da Settembre 2024.

- Ricercatore nel Progetto “The Digital Driven Diagnostics, prognostics, and therapeutics for sustainable Health care (D3 4 HEALTH)”. Ministero dell’Università e la ricercar. Coordinatore: Carlo Tacchetti. Gennaio 2003- Gennaio 2027.

-  Partecipazione al Progetto  “Chromatin organization and transcription factor targeting in the establishment of oncogene-induced senescence and cancer progression.” World Wide Cancer Research PI: Davide Mazza. Aprile 2022-Aprile 2025.

- PI per gli assegni di ricerca finanziati dall’ateneo Università Vita-Salute San Raffaele. “Spatiotemporal dynamics of inflammation in the liver from a “coupled oscillators” point of view”, Gennaio 2022; “Characterization of nuclear dynamics and physical properties in myogenesis by live-cell imaging”, Gennaio 2021.

- PI del Seed Grant OSR.  Titolo: “Spatiotemporal dynamics of inflammation: role of NF-kB dynamics at a tissue level”. Da Gennaio 2018 a Gennaio 2019.

- Partecipazione come postdoc senior in un progetto finanziato nel bando 2016 dell’AIRC (Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro). Titolo: “NF-kB in motion: role of NF-kB dynamics in Multiple Myeloma and stromal cells interactions”. PI: Alessandra Agresti. Da Gennaio 2017.

- Marie Curie Intra-European Fellowship (IEF) per una borsa postdoc all’Università Vita-Salute San Raffaele: ”Role of Nonlinear Dynamics of NF-kB in Inflammation” (2012).

- Partecipazione a progetti di ricerca in Spagna: due progetti spagnoli (BFM2003-03081 e FIS2006-08525) uno europeo (HI03-207) e due co-finanziati della regione di Madrid e Universidad Rey Juan Carlos (URJC-CM-2006-CET-0643 and URJC-CM-2007-CET-1601).

PARTECIPAZIONE AD ASSOCIAZIONI PROFESSIONALI

Socio della Società Italiana di Biofisica e Biologia Molecolare (SIBBM) dal 2016, dell’Associazione della Biologia Cellulare e del Differenziamento (ABCD) e della Società Italiana di Caos e Complessità dal 2019.

ATTIVITÀ DIDATTICA

(Anni di insegnamento indicati, C indica i corsi di cui sono stato coordinatore)

2011-oggi: UNIVERSITÀ VITA-SALUTE SAN RAFFAELE, MILANO (ITALIA)

Elementi di Statistica e Fisica II (Fisica). CdL Ricerca Biotecnologica in Medicina (italiano). 2016-oggi (C).

Fisica, informatica e lingua inglese. CdL in Ostetricia (italiano). 2020 -oggi (C).

Fisica. CdL Medicina e Chirurgia (italiano). Dal 2024 (C).

Gene expression from single molecules to systems biology. CdLM Biotechnology and Medical Biology e MD Program (inglese). 2022-oggi. 

Biostatistica e Fisica Medica. CdL Medicina e Chirurgia (italiano). 2023.

Statistica medica, epidemiologia e fisica applicata. CdL Odontoiatria (italiano). 2023-oggi.

Biomedical Imaging. MD Program (inglese). 2023-oggi. 

Medical Physics, International MD program (inglese). 2015-2018, 2018-202 (C), 2022-2023.

Genetica e biologia dello sviluppo. CdL Medicina e Chirurgia (italiano). 2014-2020.

Cell and molecular biology. International MD Program (inglese). 2014-2020.

Transcription in 4D. CdL Biotecnologia (italiano). 2013-2017.

2006-2011: UNIVERSIDAD REY JUAN CARLOS, MADRID (SPAGNA)

Coordinatore e docente in diversi corsi di Fisica per le lauree in ingegneria e per la laurea di scienze ambientali dell’università. Docente dei corsi di dottorato nell’ambito della dinamica non lineare e dei sistemi complessi.

(Aggiornato Giugno 2024)

Pubblicazioni selezionate

https://orcid.org/0000-0002-9384-2017

C. Kizilirmak, E. Monteleone, J. García-Manteiga, F. Brambilla, A. Agresti, M.E. Bianchi, Samuel Zambrano. “Small transcriptional differences among cell clones lead to distinct NF-κB dynamics”. iScience 26(12):108573 (2023)

C. Kizilirmak, M. E. Bianchi and Samuel Zambrano. “Insights on the NF-κB System Using Live Cell Imaging: Recent Developments and Future Perspectives”. Front. Immunol. 13:886127 (2022)

Samuel Zambrano, A. Loffreda, E. Carelli, G. Stefanelli, F. Colombo, E. Bertrand, A. Agresti, M. E. Bianchi N. Molina, D. Mazza. “First Responders Shape a Prompt and Sharp NF-κB-Mediated Transcriptional Response to TNF-α”. iScience 23(9), 101529 (2020).

G. Careccia, F. Colombo, M. Tirone, A. Agresti, M. E. Bianchi, Samuel Zambrano, E. Vénéreau. “Exploiting Live Imaging to Track Nuclei During Myoblast Differentiation and Fusion”. J. Vis. Exp. (146), e58888, (2019).

F. Colombo, Samuel Zambrano, A. Agresti. “NF-kB, the importance of being dynamic: role and insights in cancer”. Biomedicines, 6 (2), 45 (2018).

E. Ramos-Marquès, Samuel Zambrano, A. Tiérrez, M. E. Bianchi, A. Agresti and F. García-del Portillo. “Single-cell analyses reveal an attenuated NF-kB response in the Salmonella-infected fibroblast”. Virulence 8:6, 719-740 (2017).

Samuel Zambrano, I. De Toma, A. Piffer, M. E. Bianchi and A. Agresti. “NF-kB oscillations translate into functionally related patterns of gene expression”. eLife 5:e09100 (2016).

Samuel Zambrano, Marco E. Bianchi, Alessandra Agresti and Nacho Molina. “Interplay between stochasticity and negative feedback leads to pulsed dynamics and distinct gene activity patterns”. Phys. Rev. E 92, 02271 (2015).

Samuel Zambrano, M. E. Bianchi, A. Agresti. “A simple model of NF-kB dynamics reproduces experimental observations” Journal of Theoretical Biology, 347(21) 44-53 (2014).

Samuel Zambrano, M. E. Bianchi, A. Agresti. “High-Throughput Analysis of NF-kB Dynamics in Single Cells Reveals Basal Nuclear Localization of NF-kB and Spontaneous Activation of Oscillations”. PLoS ONE 9(3): e90104(2014).

Samuel Zambrano, I. P. Mariño, J. M. Seoane, M. A. F. Sanjuán, S. Euzzor, A. Geltrude, R. Meucci and F. T. Arecchi, “Synchronization of uncoupled excitable systems induced by white and coloured noise”. New Journal of Physics, 12 053040 (2010).

Samuel Zambrano, M. A. F. Sanjuán and J. A. Yorke, “Partial Control of Chaotic Systems”. Phys. Rev. E 77, 055201(R) (2008).

J. M. Amigó, Samuel Zambrano and M. A. F. Sanjuán. “True and false forbidden patterns in deterministic and random dynamics”, Europhys. Lett. 79, 50001 (2007).