Dottorato di Ricerca Internazionale in Medicina Molecolare
Offerta formativa
Il nostro corso di Dottorato in Medicina Molecolare ha lo scopo di fornire un’eccellente formazione interdisciplinare nell’ambito della Medicina Molecolare.
Il dottorando lavorerà sul progetto di ricerca con la supervisione del proprio Director of Studies e la consulenza scientifica di un secondo supervisore esterno.
L’attività didattica offerta è interamente in lingua inglese e copre l’intera durata del Corso.
Ogni anno il Corso di Dottorato in Medicina Molecolare offre un insieme di corsi che approfondiscono le più interessanti aree di ricerca di ciascun curriculum e forniscono agli studenti la formazione indispensabile per una carriera di successo nel mondo accademico.
L’attività didattica offerta è interamente in lingua inglese.
È previsto che gli studenti svolgano un ruolo fondamentale nella vita della nostra comunità scientifica, partecipando a lezioni, workshop e seminari organizzati dall’Istituto Scientifico San Raffaele.
I dottorandi, inoltre, possono essere coinvolti nell’insegnamento e nelle attività di tutorato rivolte agli studenti dei corsi di Laurea UniSR.
Attività didattica a.a. 2024/2025
Di seguito il programma formativo approvato per l'a.a. 2024/2025.
Courses curriculum-specific: BAIO - CMB - ECM - GCT - NEN
Communicating research: Short oral presentation - Embo Solutions
IT course - Dr. Lorenzo Cibrario
Research Integrity - Dr. Roberto Buccione
Gender Equality - Dr. Simone Mattavelli – Dr. Monica Fabbri
Statistical methods in R - Dr. Arianna Sala
Problem Solving Logics - Dr. Enrico Dalla Rosa
Diving into the data management plan (DMP) and IRIS - Dr. Silvia Corbetta and Dr. Marco Soriano
PhD students-invited lectures
PhD inter disciplinary seminars
Career opportunities seminar series
Courses curriculum-specific BAIO - CMB - ECM - GCT - NEN
Communicating research: Writing a paper - The editorial process - Embo Solutions
Scientific Publishing - Dr. Roberto Buccione
Gender Medicine - Dr. Cinthia Farina and Prof. Alaide Chieffo
Writing Successful Fellowship Applications - Dr. Thiago Carvalho and Dr. David del Álamo (Fellowsherpa)
Statistical methods in biomedical research - Prof. Paola Rancoita and Prof. Chiara Brombin
Statistical methods in R - Dr. Arianna Sala
Business Planning - Dr. Giancarlo Monza
Fundamentals of AI in medicine - Prof. Carlo Tacchetti
Open Science in practice - Dr. Silvia Corbetta and Dr. Marco Soriano
PhD inter disciplinary seminars
Career opportunities seminar series
PhD students-invited lectures
Courses curriculum-specific BAIO - CMB - ECM - GCT - NEN
How to review scientific papers - Embo Solutions
Science Communication - Dr. Maya Fedeli
Open Science in practice: principles and tools for open access to scientific publications and research data - Dr. Silvia Corbetta - Dr. Marco Soriano
Statistical methods in biomedical research - Prof. Paola Rancoita and Prof Chiara Brombin
Statistical methods in R - Dr. Arianna Sala
Project Assessment - Dr. Gianni Navalesi
Fundamentals of AI in medicine - Prof. Carlo Tacchetti
PhD inter disciplinary seminars
PhD students-invited lectures
Career opportunities seminar series
Attività didattica a.a. 2023/2024
Di seguito è riportato il programma formativo previsto per l'a.a. 2023/2024
Courses curriculum-specific:
Targeting RNA-binding proteins in neuronal degeneration and repair (NEN)
Le proteine che legano l'RNA (RBP) svolgono ruoli essenziali nello sviluppo, nella funzione e nel mantenimento dei neuroni, controllando con precisione tutti gli aspetti della regolazione dell'mRNA, tra cui lo splicing alternativo, la stabilità, il traffico e la traduzione. È ormai chiaro che diversi disturbi neurologici sono legati a erronee funzioni e localizzazione delle RBP, e il bersaglio di questo gruppo di proteine potrebbe rappresentare un'interessante strategia terapeutica per prevenire la perdita neuronale e/o promuovere la riparazione neuronale. Questo corso fornirà una panoramica dei più recenti progressi nelle funzioni delle RBP nella riparazione neurale dopo una lesione, nonché le ultime evidenze che dimostrano come il targeting delle RBP possa rappresentare una nuova ed efficace via per il trattamento dei disturbi neurodegenerativi.
Pluripotent stem cells and next generation therapies (GCT)
L'avvento delle cellule staminali pluripotenti ha rivoluzionato il panorama della medicina rigenerativa. Intraprenderemo questo viaggio trasformativo con il nostro corso di dottorato all'avanguardia incentrato su cellule staminali pluripotenti e terapie di nuova generazione. Approfondiremo come le cellule staminali pluripotenti possano essere sfruttate per progettare e testare nuovi approcci terapeutici, esplorando la loro capacità unica di differenziarsi in diversi tipi di cellule. Il programma coprirà gli ultimi progressi nella ricerca sulle cellule staminali, tra cui l'editing del genoma basato su CRISPR e gli approcci di biologia sintetica, e porrà l'accento sulla traduzione delle intuizioni scientifiche in terapie innovative, promuovendo un profondo apprezzamento per le dimensioni etiche e normative delle applicazioni delle cellule staminali.
Molecular mechanisms of drug resistance in cells (CMB and BAIO)
In questo corso, gli studenti acquisiranno una migliore comprensione dei processi molecolari che le cellule mettono in atto per adattarsi alle terapie ed eludere la morte. In dettaglio, il corso sarà suddiviso in tre sessioni per avere una panoramica su i) metodi quantitativi innovativi per valutare la resistenza ai farmaci; ii) epidemiologia ed evoluzione dei meccanismi di resistenza nei microrganismi e iii) meccanismi di resistenza acquisita alla terapia mirata e all'immunoterapia. Oltre a conoscere i meccanismi molecolari di resistenza ai farmaci nelle cellule da parte di esperti del settore, gli studenti avranno l'opportunità di discutere ulteriormente con i relatori su questi argomenti preparando una lezione frontale e di esplorare le opzioni di carriera da intraprendere dopo il completamento dei loro studi di dottorato.
Quantitative biomarkers in translational research (ECM)
Communicating research: Short oral presentation - Embo Solutions
In questo workshop, i redattori di EMBO lavorano con i dottorandi sui principi, le pratiche e le strategie della pubblicazione scientifica. Il workshop si concentra su come presentare efficacemente il proprio lavoro in forma orale in vari contesti, come ad esempio la presentazione di un poster, un "flash talk" o un "elevator pitch". Il corso prevede una combinazione di presentazioni teoriche, lavori di gruppo e discussioni interattive per coinvolgere i partecipanti.
IT course - Dr. Lorenzo Cibrario
Il corso si propone di fornire ai dottorandi conoscenze metodologiche e tecnologiche sull'utilizzo di strumenti legati all'office automation, al networking, al cloud e alla cyber security. Il corso tratterà i seguenti argomenti: utilizzo di base e avanzato di Microsoft Excel, utilizzo avanzato di Microsoft Word, protocolli di comunicazione e protocolli di sicurezza, elementi di base della sicurezza informatica, tecniche di protezione dei dati e tecniche avanzate di sicurezza informatica.
Research Integrity (parte I) - Dr. Roberto Buccione
Il corso fornisce una panoramica di base dei principi fondamentali di integrità della ricerca, la definizione di cattiva condotta della ricerca e la pratica di ricerca discutibile, una descrizione generale su come affrontare le complesse questioni che possono sorgere durante la pianificazione, conduzione e analisi di ricerche scientifiche, nonché l’illustrazione delle funzioni del Research Integrity Office. La verifica primaria di qualsiasi risultato scientifico è la sua riproducibilità, che però può avvenire solo quando tutti i passaggi importanti possono essere ripercorsi. Dovrebbero quindi essere documentati con sufficiente completezza in modo che una persona che abbia familiarità con l'argomento sia in grado di ricostruire gli esperimenti e le considerazioni coinvolte. Il log/workbook noto anche come quaderno di laboratorio (cartaceo o digitale) è il repository centrale per la registrazione dei protocolli e delle procedure sperimentali. Il corso fornisce una panoramica dettagliata delle normative vigenti e consigli generali sulla registrazione degli esperimenti e dei dati nei quaderni di laboratorio.
Gender Equality - Dr. Simone Mattavelli – Dr. Monica Fabbri
Nonostante i significativi progressi sociali compiuti negli ultimi decenni e l'introduzione di interventi politici mirati, nelle moderne società occidentali persiste uno squilibrio uomo-donna. Le conseguenze di questo fenomeno, noto come pregiudizio di genere, sono state studiate a diversi livelli. Per esempio, le donne sono sottorappresentate quando si tratta di posizioni dirigenziali di alto livello e numerosi studi hanno dimostrato che il pregiudizio di genere nelle discipline scientifiche e nella medicina è tuttora persistente. Inoltre, i pregiudizi di genere possono essere espressi in molti modi, dalle manifestazioni più evidenti a quelle più sottili, come le espressioni linguistiche adottate nelle interazioni quotidiane.
Le ricerche sulla cognizione sociale hanno dimostrato che le radici dei pregiudizi di genere vanno ricercate nel concetto di stereotipo. Gli stereotipi non sono altro che etichette che gli esseri umani tendono ad attribuire a entità e categorie sociali e che guidano il nostro modo di pensare e di comportarci. Seguendo un approccio socio-cognitivo, questo corso si propone di fornire una migliore comprensione dei pregiudizi di genere conoscendo (i) cosa sono gli stereotipi di genere; (ii) come si formano e si alimentano nella nostra società; (iii) quali sono le loro conseguenze; e (iv) quali interventi possono aiutare a smantellarli.
Infine, il corso prevede un approfondimento dedicato al "Gender Equality Plan" approvato da UniSR.
Statistical methods in R - Dr. Arianna Sala
Il corso tratta argomenti pratici di programmazione con R. L'obiettivo del corso è mostrare come la programmazione in R possa essere utilizzata per risolvere problemi comuni incontrati dai neuroscienziati. Il corso fornirà un'introduzione di base a R, includendo la gestione dei dati, l'analisi statistica e la visualizzazione dei dati. Verranno introdotti elementi di scripting. Il corso comprenderà una struttura pratica e interattiva, con un apprendimento ottenuto principalmente attraverso la presentazione di problemi e soluzioni reali tramite attività pratiche.
Problem Solving Logics - Dr. Enrico Dalla Rosa
L'argomento principale di questo corso è l'errore umano. La nostra specie ha fatto un buon lavoro nel sopravvivere alla lotteria dell'evoluzione, grazie anche a una buona capacità di evitare - nel complesso - errori fatali. Ma la crescente complessità del mondo rende sempre più importante evitare errori che possono avere conseguenze disastrose, soprattutto in alcuni settori, tra cui la medicina.
Anche se ci piace pensare che, di fronte a situazioni impegnative, siamo fondamentalmente razionali, è facile dimostrare che la maggior parte delle persone - anche quelle con un QI molto alto - può commettere, in modo facilmente prevedibile, errori rilevanti. Durante il ciclo di lezioni, cercheremo di vaccinarci contro alcuni dei pregiudizi abbastanza prevedibili che ci spingono a commettere errori, anche se cerchiamo di evitarli nel modo più accurato possibile.
PhD inter disciplinary seminars
Oggi più che mai, la ricerca scientifica è un'impresa complessa che richiede ampie conoscenze al di fuori del contesto specifico per produrre risultati d'impatto e aiutare i ricercatori a crescere in un ambiente altamente competitivo.
Questo corso è stato creato su iniziativa del Prorettore per la ricerca scientifica e degli studenti insieme al Research Policy Office (RPO) per discutere temi interdisciplinari, dall'impatto sociale della scienza alla gestione dei carichi di lavoro ad alta pressione.
L'obiettivo è stimolare un pensiero critico e fuori dagli schemi. Il corso prevede 3 seminari tenuti da esperti esterni, selezionati da un comitato di dottorandi dei 3 corsi, coordinati da Monica Fabbri (RPO).
Diving into the data management plan (DMP) and IRIS - Dr. Silvia Corbetta and Dr. Marco Soriano
This course will discuss two essential research tools. The first part will focus on the DMP, i.e., a structured document which outlines all aspects of the research data lifecycle (e.g., data organisation and curation, adequate provisions for their preservation and sharing). Writing a DMP will address in advance all needs/challenges that are likely to be encountered over the course of a research project, and it is considered best practice, as it makes work more efficient and contributes to the long-term preservation of data. After introducing the typical components of a DMP practical information will be provided on how to address them. Furthermore, though the Q&A session students will have the chance to discuss the challenges their facing and clarify any doubt about their DMP.
The second part of the course will focus on the UniSR IRIS. After introducing the core concepts and principles in Open Access to publications, practical information will be provided on how to use IRIS for depositing, collecting and disseminating the publications.
PhD students-invited lectures
Le PhD student-invited lectures sono seminari organizzati da un comitato di dottorandi, composto da studenti provenienti da diverse aree di ricerca. Il Comitato seleziona e invita ogni anno 3-4 scienziati internazionali. Gli scienziati invitati tengono conferenze aperte a tutti i membri dell'istituto e dedicano poi tempo a discutere con i dottorandi sia delle loro ricerche sia di argomenti più generali, come il percorso per diventare un ricercatore indipendente, ecc. I seminari offrono agli studenti l'opportunità di interagire con scienziati di alto livello in un ambiente informale e di migliorare le capacità di networking, fondamentali nella ricerca scientifica.
Career opportunities seminar series
La serie di seminari "Career Opportunities Seminar Series" mira a promuovere le prospettive di carriera e le opportunità professionali per i dottorandi nei campi della ricerca e nei settori correlati, sia pubblici che privati. L'ampia varietà di potenziali percorsi di carriera a cui i dottorandi possono aspirare richiede una comprensione delle opportunità disponibili.
Per promuovere questa comprensione e creare contatti utili con il mondo del lavoro, vengono organizzati vari seminari tenuti da professionisti di spicco in diversi campi di interesse, provenienti sia da ambienti accademici che aziendali. I seminari comprendono una breve panoramica del percorso professionale del relatore che ha portato alla sua attuale posizione, una descrizione delle sue attività e, infine, una fase di colloqui individuali o di gruppo con i dottorandi.
Courses curriculum-specific:
Targeting RNA-binding proteins in neuronal degeneration and repair (NEN)
Le proteine che legano l'RNA (RBP) svolgono ruoli essenziali nello sviluppo, nella funzione e nel mantenimento dei neuroni, controllando con precisione tutti gli aspetti della regolazione dell'mRNA, tra cui lo splicing alternativo, la stabilità, il traffico e la traduzione. È ormai chiaro che diversi disturbi neurologici sono legati a erronee funzioni e localizzazione delle RBP, e il bersaglio di questo gruppo di proteine potrebbe rappresentare un'interessante strategia terapeutica per prevenire la perdita neuronale e/o promuovere la riparazione neuronale. Questo corso fornirà una panoramica dei più recenti progressi nelle funzioni delle RBP nella riparazione neurale dopo una lesione, nonché le ultime evidenze che dimostrano come il targeting delle RBP possa rappresentare una nuova ed efficace via per il trattamento dei disturbi neurodegenerativi.
Pluripotent stem cells and next generation therapies (GCT)
L'avvento delle cellule staminali pluripotenti ha rivoluzionato il panorama della medicina rigenerativa. Intraprenderemo questo viaggio trasformativo con il nostro corso di dottorato all'avanguardia incentrato su cellule staminali pluripotenti e terapie di nuova generazione. Approfondiremo come le cellule staminali pluripotenti possano essere sfruttate per progettare e testare nuovi approcci terapeutici, esplorando la loro capacità unica di differenziarsi in diversi tipi di cellule. Il programma coprirà gli ultimi progressi nella ricerca sulle cellule staminali, tra cui l'editing del genoma basato su CRISPR e gli approcci di biologia sintetica, e porrà l'accento sulla traduzione delle intuizioni scientifiche in terapie innovative, promuovendo un profondo apprezzamento per le dimensioni etiche e normative delle applicazioni delle cellule staminali.
Molecular mechanisms of drug resistance in cells (CMB and BAIO)
In questo corso, gli studenti acquisiranno una migliore comprensione dei processi molecolari che le cellule mettono in atto per adattarsi alle terapie ed eludere la morte. In dettaglio, il corso sarà suddiviso in tre sessioni per avere una panoramica su i) metodi quantitativi innovativi per valutare la resistenza ai farmaci; ii) epidemiologia ed evoluzione dei meccanismi di resistenza nei microrganismi e iii) meccanismi di resistenza acquisita alla terapia mirata e all'immunoterapia. Oltre a conoscere i meccanismi molecolari di resistenza ai farmaci nelle cellule da parte di esperti del settore, gli studenti avranno l'opportunità di discutere ulteriormente con i relatori su questi argomenti preparando una lezione frontale e di esplorare le opzioni di carriera da intraprendere dopo il completamento dei loro studi di dottorato.
Quantitative biomarkers in translational research (ECM)
Communicating research: Writing a paper - The editorial process - Embo Solutions
In questo workshop, i redattori di EMBO lavorano con i dottorandi sui principi, le pratiche e le strategie della pubblicazione scientifica. Gli argomenti trattati comprendono la comprensione della struttura e del contenuto di un manoscritto, la creazione di figure e la scrittura di titoli e abstract efficaci. I partecipanti impareranno anche a orientarsi nel processo editoriale delle riviste. Il corso prevede una combinazione di presentazioni teoriche, lavori di gruppo e discussioni interattive per coinvolgere i partecipanti.
Research Integrity (parte II) - Dr. Roberto Buccione
Il valore e l'impatto delle scoperte scientifiche sarebbero molto limitati senza la divulgazione dei risultati ai colleghi. Tale comunicazione può avvenire sotto diverse forme, ma in genere sotto forma di pubblicazioni accademiche convalidate dalla peer-review. Il corso illustrerà il processo editoriale, l'evoluzione dell'attuale paradigma editoriale, i modelli editoriali emergenti e il lato oscuro della pubblicazioni.
Gender Medicine - Dr. Cinthia Farina and Prof. Alaide Chieffo
Nel corso della storia, la medicina e la biologia sono state sviluppate utilizzando un approccio androcentrico, generalizzando i risultati ai soggetti di sesso femminile e limitando le differenze di genere legate esclusivamente alle questioni di riproduzione. Il corso "Gender Medicine" presenterà un'introduzione alla medicina di nuova generazione, spiegherà le definizioni, evidenzierà i riferimenti normativi e le risorse e discuterà esempi e implicazioni per la ricerca e i servizi sanitari.
Writing Successful Fellowship Applications - Dr. Thiago Carvalho and Dr. David del Álamo (Fellowsherpa)
Per molti ricercatori all'inizio della carriera, scrivere una domanda di borsa di studio sarà la prima esperienza con il sistema di finanziamento scientifico altamente competitivo. Il corso interattivo di due giorni di Fellowsherpa espone ai partecipanti alcune delle più prestigiose borse di studio internazionali, tra cui i programmi post-dottorato Marie Skłodowska-Curie, EMBO e Human Frontier Science Program.
The european research framework: policy, funding programmes and research management - Dr. Federica Prete – Dr. Maya Fedeli
Il corso mira a comprendere il percorso che porta dall'argomento di un bando, passando per lo sviluppo di un'idea progettuale, fino alla stesura di una proposta alla sua presentazione nell'ambito di Horizon Europe e a fornire conoscenze e strumenti per lo sviluppo di progetti di ricerca europei. Inoltre, il corso presenterà le caratteristiche principali di Horizon Europe e i programmi ERC e Marie Curie. Infine, il corso introdurrà la Citizen Science e come integrare questo approccio innovativo nei progetti di ricerca.
Statistical methods in biomedical research - Prof. Paola Rancoita and Prof. Chiara Brombin
Il corso fornisce concetti di base e avanzati per la raccolta, l'organizzazione e l'analisi statistica dei dati nelle scienze biomediche. Il corso è suddiviso in due moduli:
MODULO 1: Statistica inferenziale: confronto tra gruppi e analisi bivariata.
MODULO 2: Creare modelli delle relazioni tra variabili.
La partecipazione ai moduli è organizzata per competenze e non per anno di iscrizione
Statistical methods in R - Dr. Arianna Sala
The course covers practical topics in coding with R. The aim of the course is to show how R coding can be used to solve common issues encountered by neuroscientists. The course will provide a basic introduction to R, covering data management, statistical modelling and data visualization. Elements of scripting will be introduced.
The course will have a practical and interactive layout, with learning achieved mainly through presentation of real-life problems and solutions via hands-on activities.
Business Planning - Dr. Giancarlo Monza
La ricerca e sviluppo (R&S) di oggi è la pratica medica di domani. Purtroppo, la sostenibilità della R&S è a rischio. Altri settori altamente innovativi (ad esempio l'industria aerospaziale, l'IT e anche... l'esercito) hanno cercato di affrontare il problema della sostenibilità migliorando le loro capacità di pianificazione/esecuzione dei progetti e la loro attenzione ai fattori umani.
Durante le lezioni verranno esaminate le tecniche di base della pianificazione dei progetti e delle prestazioni dei team (=persone) per minimizzare/prevenire gli errori umani, concentrandosi sulla peculiarità della R&S in ambito sanitario, dove l'etica e l'approccio incentrato sul paziente sono fondamentali. Verranno presentati esempi pratici di progetti falliti e completati con successo nel settore sanitario.
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Fundamentals of AI in medicine - Prof. Carlo Tacchetti
L'intelligenza artificiale (IA) sta guadagnando sempre più popolarità nel settore sanitario. Le tecnologie che consentono l'automazione di compiti clinici che richiedono tempo o i sistemi di supporto alle decisioni cliniche basati sull'apprendimento automatico, una branca dell'IA, potenzialmente miglioreranno le cure oncologiche. Tuttavia, l'uso inconsapevole di tali algoritmi, spesso sviluppati al di fuori dell'ambito clinico, senza coinvolgere gli operatori sanitari, ridurrà l'impatto clinico, creando sfiducia nell'IA. Presenteremo ai giovani ricercatori clinici le basi dell'IA, compresa una panoramica sui principali algoritmi di ML e le loro applicazioni con i dati sanitari, la progettazione di studi clinici che prevedono lo sviluppo di algoritmi di IA e le questioni etiche e di privacy legate all'uso di algoritmi di IA in ospedale.
PhD inter disciplinary seminars
Oggi più che mai, la ricerca scientifica è un'impresa complessa che richiede ampie conoscenze al di fuori del contesto specifico per produrre risultati d'impatto e aiutare i ricercatori a crescere in un ambiente altamente competitivo.
Questo corso è stato creato su iniziativa del Prorettore per la ricerca scientifica e degli studenti insieme al Research Policy Office (RPO) per discutere temi interdisciplinari, dall'impatto sociale della scienza alla gestione dei carichi di lavoro ad alta pressione.
L'obiettivo è stimolare un pensiero critico e fuori dagli schemi. Il corso prevede 3 seminari tenuti da esperti esterni, selezionati da un comitato di dottorandi dei 3 corsi, coordinati da Monica Fabbri (RPO).
PhD students-invited lectures
Le PhD student-invited lectures sono seminari organizzati da un comitato di dottorandi, composto da studenti provenienti da diverse aree di ricerca. Il Comitato seleziona e invita ogni anno 3-4 scienziati internazionali. Gli scienziati invitati tengono conferenze aperte a tutti i membri dell'istituto e dedicano poi tempo a discutere con i dottorandi sia delle loro ricerche sia di argomenti più generali, come il percorso per diventare un ricercatore indipendente, ecc. I seminari offrono agli studenti l'opportunità di interagire con scienziati di alto livello in un ambiente informale e di migliorare le capacità di networking, fondamentali nella ricerca scientifica.
Career opportunities seminar series
La serie di seminari "Career Opportunities Seminar Series" mira a promuovere le prospettive di carriera e le opportunità professionali per i dottorandi nei campi della ricerca e nei settori correlati, sia pubblici che privati. L'ampia varietà di potenziali percorsi di carriera a cui i dottorandi possono aspirare richiede una comprensione delle opportunità disponibili.
Per promuovere questa comprensione e creare contatti utili con il mondo del lavoro, vengono organizzati vari seminari tenuti da professionisti di spicco in diversi campi di interesse, provenienti sia da ambienti accademici che aziendali. I seminari comprendono una breve panoramica del percorso professionale del relatore che ha portato alla sua attuale posizione, una descrizione delle sue attività e, infine, una fase di colloqui individuali o di gruppo con i dottorandi.
Follow up data management plan (DMP) - Dr. Silvia Corbetta and Dr. Marco Soriano
This follow-up course aims at providing feedback on the DMPs submitted by the students and discuss common issues identified during the review process. The course also offers the opportunity to clarify any questions or uncertainties regarding the topics addressed in the submitted DMPs and provides clarifications on the features of our institutional repository IRIS.
Courses curriculum-specific:
Targeting RNA-binding proteins in neuronal degeneration and repair (NEN)
Le proteine che legano l'RNA (RBP) svolgono ruoli essenziali nello sviluppo, nella funzione e nel mantenimento dei neuroni, controllando con precisione tutti gli aspetti della regolazione dell'mRNA, tra cui lo splicing alternativo, la stabilità, il traffico e la traduzione. È ormai chiaro che diversi disturbi neurologici sono legati a erronee funzioni e localizzazione delle RBP, e il bersaglio di questo gruppo di proteine potrebbe rappresentare un'interessante strategia terapeutica per prevenire la perdita neuronale e/o promuovere la riparazione neuronale. Questo corso fornirà una panoramica dei più recenti progressi nelle funzioni delle RBP nella riparazione neurale dopo una lesione, nonché le ultime evidenze che dimostrano come il targeting delle RBP possa rappresentare una nuova ed efficace via per il trattamento dei disturbi neurodegenerativi.
Pluripotent stem cells and next generation therapies (GCT)
L'avvento delle cellule staminali pluripotenti ha rivoluzionato il panorama della medicina rigenerativa. Intraprenderemo questo viaggio trasformativo con il nostro corso di dottorato all'avanguardia incentrato su cellule staminali pluripotenti e terapie di nuova generazione. Approfondiremo come le cellule staminali pluripotenti possano essere sfruttate per progettare e testare nuovi approcci terapeutici, esplorando la loro capacità unica di differenziarsi in diversi tipi di cellule. Il programma coprirà gli ultimi progressi nella ricerca sulle cellule staminali, tra cui l'editing del genoma basato su CRISPR e gli approcci di biologia sintetica, e porrà l'accento sulla traduzione delle intuizioni scientifiche in terapie innovative, promuovendo un profondo apprezzamento per le dimensioni etiche e normative delle applicazioni delle cellule staminali.
Molecular mechanisms of drug resistance in cells (CMB and BAIO)
In questo corso, gli studenti acquisiranno una migliore comprensione dei processi molecolari che le cellule mettono in atto per adattarsi alle terapie ed eludere la morte. In dettaglio, il corso sarà suddiviso in tre sessioni per avere una panoramica su i) metodi quantitativi innovativi per valutare la resistenza ai farmaci; ii) epidemiologia ed evoluzione dei meccanismi di resistenza nei microrganismi e iii) meccanismi di resistenza acquisita alla terapia mirata e all'immunoterapia. Oltre a conoscere i meccanismi molecolari di resistenza ai farmaci nelle cellule da parte di esperti del settore, gli studenti avranno l'opportunità di discutere ulteriormente con i relatori su questi argomenti preparando una lezione frontale e di esplorare le opzioni di carriera da intraprendere dopo il completamento dei loro studi di dottorato.
Quantitative biomarkers in translational research (ECM)
How to review scientific papers - Embo Solutions
In questo workshop, i redattori di EMBO lavorano con i e le studenti di dottorato sui principi e le pratiche della peer review. Gli argomenti trattati comprendono gli elementi chiave di una buona peer review e il ruolo della peer review nella pubblicazione di una scienza che sia riproducibile. Si discutono anche considerazioni etiche, come i conflitti di interesse, e si forniscono linee guida ai giovani scienziati su come diventare bravi revisori. Il corso prevede una combinazione di presentazioni teoriche, lavori di gruppo e discussioni interattive per coinvolgere i partecipanti.
Research Integrity (parte III) - Dr. Roberto Buccione
I ricercatori hanno la responsabilità generale di partecipare alle attività di comunicazione della scienza e di divulgazione, perché solo così facendo possono rendere accessibili i risultati delle proprie ricerche a un pubblico di non esperti, che potrebbe beneficiare di queste informazioni. Tali attività rientrano nello spirito della Responsible Research and Innovation (RRI). Il corso mostrerà l'importanza della comunicazione della scienza nella carriera di uno scienziato e svilupperà le competenze di comunicazione degli e delle studenti di dottorato, consentendo loro di trasmettere in modo chiaro, coinvolgente e accessibile i complessi concetti scientifici tipici dell’attività di ricerca a un pubblico più ampio. Durante il corso, gli e le studenti acquisiranno una comprensione delle strategie di comunicazione della scienza, impareranno a tradurre il linguaggio tecnico in un formato comprensibile per il pubblico generale e affineranno le loro abilità nell'utilizzo di diverse piattaforme e strumenti di comunicazione.
Open Science in practice: principles and tools for open access to scientific publications and research data - Dr. Silvia Corbetta - Dr. Marco Soriano
L'approccio Open Science comprende tutte le pratiche che promuovono l'accessibilità e la trasparenza a tutti i livelli del ciclo di vita del progetto di ricerca. Questo corso introdurrà i concetti e i principi fondamentali dell'Open Science (ad esempio, accesso aperto, condivisione dei dati) e fornirà linee guida e strumenti su come rendere ad accesso aperto le pubblicazioni scientifiche e i dati della ricerca, per garantire la riproducibilità e l'utilità sociale della ricerca scientifica. Inoltre, verranno fornite informazioni pratiche su come utilizzare gli archivi istituzionali per le pubblicazioni (IRIS) e i dati (ORDR).
Statistical methods in biomedical research - Prof. Paola Rancoita and Prof Chiara Brombin
Il corso fornisce concetti di base e avanzati per la raccolta, l'organizzazione e l'analisi statistica dei dati nelle scienze biomediche. Il corso è suddiviso in due moduli:
MODULO 1: Statistica inferenziale: confronto tra gruppi e analisi bivariata.
MODULO 2: Creare modelli delle relazioni tra variabili.
La partecipazione ai moduli è organizzata per competenze e non per anno di iscrizione
Statistical methods in R - Dr. Arianna Sala
Il corso tratta argomenti pratici di programmazione con R. L'obiettivo del corso è mostrare come la programmazione in R possa essere utilizzata per risolvere problemi comuni incontrati dai neuroscienziati. Il corso fornirà un'introduzione di base a R, includendo la gestione dei dati, l'analisi statistica e la visualizzazione dei dati. Verranno introdotti elementi di scripting. Il corso comprenderà una struttura pratica e interattiva, con un apprendimento ottenuto principalmente attraverso la presentazione di problemi e soluzioni reali tramite attività pratiche.
Project Assessment - Dr. Gianni Navalesi
E cosa succede se il mio progetto scientifico/clinico non va bene? Dobbiamo trovare un'altra opportunità o dobbiamo buttare nel cestino quello che abbiamo fatto? Ci concentreremo sulla valutazione dell'importanza di avere a disposizione tecniche di approccio basato sul rischio, pianificazione del rischio e misure di minimizzazione del rischio. Questi strumenti mirano a mitigare eventuali scostamenti indesiderati dall'obiettivo scientifico.
A questo proposito, verrà sottolineata l'importanza di avere in mente altre potenziali soluzioni nel caso in cui l'obiettivo primario non possa essere raggiunto. Verranno illustrati alcuni esempi di farmaci che sono stati riproposti da un'indicazione clinica a un'altra (ad esempio, il Sildenafil), nonché l'opportunità di passare ad altri settori come i dispositivi medici o gli integratori alimentari.
Fundamentals of AI in medicine - Prof. Carlo Tacchetti
L'intelligenza artificiale (IA) sta guadagnando sempre più popolarità nel settore sanitario. Le tecnologie che consentono l'automazione di compiti clinici che richiedono tempo o i sistemi di supporto alle decisioni cliniche basati sull'apprendimento automatico, una branca dell'IA, potenzialmente miglioreranno le cure oncologiche. Tuttavia, l'uso inconsapevole di tali algoritmi, spesso sviluppati al di fuori dell'ambito clinico, senza coinvolgere gli operatori sanitari, ridurrà l'impatto clinico, creando sfiducia nell'IA. Presenteremo ai giovani ricercatori clinici le basi dell'IA, compresa una panoramica sui principali algoritmi di ML e le loro applicazioni con i dati sanitari, la progettazione di studi clinici che prevedono lo sviluppo di algoritmi di IA e le questioni etiche e di privacy legate all'uso di algoritmi di IA in ospedale.
PhD inter disciplinary seminars
Oggi più che mai, la ricerca scientifica è un'impresa complessa che richiede ampie conoscenze al di fuori del contesto specifico per produrre risultati d'impatto e aiutare i ricercatori a crescere in un ambiente altamente competitivo.
Questo corso è stato creato su iniziativa del Prorettore per la ricerca scientifica e degli studenti insieme al Research Policy Office (RPO) per discutere temi interdisciplinari, dall'impatto sociale della scienza alla gestione dei carichi di lavoro ad alta pressione.
L'obiettivo è stimolare un pensiero critico e fuori dagli schemi. Il corso prevede 3 seminari tenuti da esperti esterni, selezionati da un comitato di dottorandi dei 3 corsi, coordinati da Monica Fabbri (RPO).
PhD students-invited lectures
Le PhD student-invited lectures sono seminari organizzati da un comitato di dottorandi, composto da studenti provenienti da diverse aree di ricerca. Il Comitato seleziona e invita ogni anno 3-4 scienziati internazionali. Gli scienziati invitati tengono conferenze aperte a tutti i membri dell'istituto e dedicano poi tempo a discutere con i dottorandi sia delle loro ricerche sia di argomenti più generali, come il percorso per diventare un ricercatore indipendente, ecc. I seminari offrono agli studenti l'opportunità di interagire con scienziati di alto livello in un ambiente informale e di migliorare le capacità di networking, fondamentali nella ricerca scientifica.
Career opportunities seminar series
La serie di seminari "Career Opportunities Seminar Series" mira a promuovere le prospettive di carriera e le opportunità professionali per i dottorandi nei campi della ricerca e nei settori correlati, sia pubblici che privati. L'ampia varietà di potenziali percorsi di carriera a cui i dottorandi possono aspirare richiede una comprensione delle opportunità disponibili.
Per promuovere questa comprensione e creare contatti utili con il mondo del lavoro, vengono organizzati vari seminari tenuti da professionisti di spicco in diversi campi di interesse, provenienti sia da ambienti accademici che aziendali. I seminari comprendono una breve panoramica del percorso professionale del relatore che ha portato alla sua attuale posizione, una descrizione delle sue attività e, infine, una fase di colloqui individuali o di gruppo con i dottorandi.
Attività didattica a.a. 2022/2023
Di seguito il programma formativo approvato per l'a.a. 2022/2023.
Corsi specifici per ciascun curriculum:
- An update on Multiple sclerosis and related immune-mediated disorders (Neuroscience and Experimental Neurology Curriculum)
- Epidemiological Methods for Medical Research (Experimental and Clinical Medicine Curriculum)
- Cell engeneering for cancer immunotherapy (for the others Curriculum)
Pitches, Posters, and PPT: Fundamentals of communicating science to peers - Prof. Armando Chapin Rodriguez
The Workshop aims to introduce the students to the foundations of effective scientific and technical communication, supported by findings from neuroscience, linguistics, and marketing. The theoretical part will be followed by practical exercises in small groups based on students’ own projects.
Computer improvement
The course aims to provide PhD students with methodological and technological knowledge on yìthe use of tools related to office automation, networking, cloud and cyber security. The course will cover the following topics: basic and advanced use of Microsoft Excel, advanced use of Microsoft Word, communication protocols and security protocols, basic elements of computer security, data protection and advanced cyber security techniques.
Problem solving logics - Prof. Enrico Dalla Rosa
Although we like to think that human beings are basically rational, it's easy to show that most people - even those who have a very high IQ - can make, in an easily predictable way, mistakes in solving even very simple problems. During the cycle of lessons we will try to vaccinate ourselves against these quite predictable biases, even if we will remain predictably irrational.
Research Integrity (parte I) - Dott. Roberto Buccione
The Research Integrity – General Principles seminar provides a basic overview of the core principles of research integrity, the definition of research misconduct and questionable research practice, general advice on dealing with the complex issues that can arise while planning, conducting and reporting research, and the functions and scope of the Research Integrity Office.
The primary verification of any scientific finding is its reproducibility, which however can occur only when all important steps can be retraced. They should therefore be documented with sufficient thoroughness that a person familiar with the subject would be able to reconstruct the experiments and considerations involved. The log/workbook a.k.a. the "lab book" (paper-based or digital) is the central repository for the logging of experimental protocols and procedures. The Care and Management of Laboratory Notebooks seminar provides a detailed overview of the current Ospedale San Raffaele and Università Vita-Salute San Raffaele regulations and general advice on the logging of experimentation and data in the lab books.
Statistical Methods in Biomedical Research
The course provides basic and advanced concepts for the collection, organization, and statistical analysis of data in the biomedical sciences. The course is divided into three modules:
Module 1 – Database construction and example description;
Module 2 - Inferential Statistics: from unchanged to multiple analysis;
Module 3 - Advanced statistical topics.
Participation in modules not by year of enrollment but by skills. A preliminary evaluation test is carried out online
Gender bias: a social-cognitive analysis
Notwithstanding the significant social progresses made in the last decades and the introduction of targeted political interventions, a male-female imbalance persists in modern Western societies. The consequence of this phenomenon, known as gender bias, have been studied at many different levels. For instance, women are underrepresented when it comes to higher leadership positions and numerous studies showed that gender bias in science disciplines and medicine is persistent today. Moreover, gender bias can be expressed in multiple ways, from more blatant to subtle manifestations, such as linguistic expressions adopted in everyday interactions.
Research in social cognition has shown that the roots of gender bias must be searched in the concept stereotype. Stereotypes are nothing else than labels that humans tend to attach to social entities and categories and that drive the way we think and behave. Following a social-cognitive approach, this course aims at providing a better understanding of gender bias by getting to know (i) what gender-stereotypes are; (ii) how they are formed and nourished by our society; (iii) what are their consequences; and (iv) what interventions can help dismantling them.
PhD students-invited lectures series
Career opportunities seminar series
Corsi specifici per ciascun curriculum:
- An update on Multiple sclerosis and related immune-mediated disorders (Neuroscience and Experimental Neurology Curriculum)
- Epidemiological Methods for Medical Research (Experimental and Clinical Medicine Curriculum)
- Cell engeneering for cancer immunotherapy (for the others Curriculum)
Writing effectively about your research in papers and funding applications - Prof. Armando Chapin Rodriguez
The aim of the Workshop is to introduce students to the foundations of effective scientific and technical communication, supported by findings from neuroscience, linguistics, and marketing. The theoretical part will be followed by practical exercises in small groups based on students’ own projects.
Business Planning - Dr Giancarlo Monza
Research and development (R&D) of today is the medical practice of tomorrow. Unfortunately, the sustainability of R&D is at risk. Other highly innovative areas (e.g. aerospace industry, IT and also … the Army) have tried to addressed the issue of sustainability by enhancing their project planning capabilities.
During the lessons we will review the basic techniques of project planning, focusing on the peculiarity of R&D in health care, where ethics and patient-centric approaches are paramount. Practical examples of failed and successfully completed projects in healthcare will be presented and participant will also have the opportunity to discuss their own programs.
Research Integrity (parte II) - Dott. Roberto Buccione
The Research Integrity – General Principles seminar provides a basic overview of the core principles of research integrity, the definition of research misconduct and questionable research practice, general advice on dealing with the complex issues that can arise while planning, conducting and reporting research, and the functions and scope of the Research Integrity Office.
Research data management (RDM) is the effective and secure handling of information created in the course of research. Such information is typically the foundational evidence of published findings, grant reports, scientific posters, and other scholarly communications. Effective RDM spreads over a long lifecycle and continues well after the initial research has been published, and includes the materials, products, procedures, and other data sources that are part of any research project. The Research Data Management seminar aims to provide basic information on the principles of RDM, and to illustrate the importance of correct management, retrievability, preservation and storage of research data.
Statistical Methods in Biomedical Research
The course provides basic and advanced concepts for the collection, organization, and statistical analysis of data in the biomedical sciences. The course is divided into three modules:
Module 1 – Database construction and example description;
Module 2 - Inferential Statistics: from unchanged to multiple analysis;
Module 3 - Advanced statistical topics.
Participation in modules not by year of enrollment but by skills. A preliminary evaluation test is carried out online
The european research framework: policy, funding programmes and research management
The course aims to illustrate the characteristics of European and international research and to provide knowledge and tools for the management of research projects. In particular, the Horizon Europe programme will be developed. The structure of European projects and the rules for participation and management models will be analysed. Finally, the main design techniques will be presented in order to transfer tools and knowledge useful for developing a European research project.
PhD students-invited lectures
Career opportunities seminar series
Corsi specifici per ciascun curriculum:
- An update on Multiple sclerosis and related immune-mediated disorders (Neuroscience and Experimental Neurology Curriculum)
- Epidemiological Methods for Medical Research (Experimental and Clinical Medicine Curriculum)
- Cell engeneering for cancer immunotherapy (for the others Curriculum)
Writing effectively about your research in papers and funding applications - Prof. Armando Chapin Rodriguez
The aim of the Workshop is to introduce students to the foundations of effective scientific and technical communication, supported by findings from neuroscience, linguistics, and marketing. The theoretical part will be followed by practical exercises in small groups based on students’ own projects.
Project assessment - Prof. Giovanni Navalesi
"And what happen if my scientific/clinical project is not going well? Shall we have some other opportunity or shell we throw on the basket what we have done?"
The course will be focused on how to evaluate the ongoing clinical/ scientific project in terms of GO/NO GO decision, the importance and to have in place techniques of risk based approach, risk planning and risk minimization measures for mitigating any unwanted deviations to the scientific target. On this regard, it will be highlighted the importance of Quality Systems (Standard Operating Procedures) applied to Clinical research project. And in case we should decide not to go ahead with the planned project, can we GO ahead with other different projects? Some examples of drugs that have been Repurposed after NO GO decisions from one clinical indication to another (i.e. Sildenafil) or example of molecules that are developed as Medical devices. The exemples include also drug potentially repurposing for Covid19 infection"
Research Integrity (parte III) - Dott. Roberto Buccione
The value and impact of scientific discovery would be very limited without the communication of findings to peers. Such communication may occur under many forms but most typically, as scholarly publications validated by peer-review. Authorship of research articles in scholarly journals is the most visible and direct form of academic recognition and credit. Funders, policymakers and institutions rely on the published record to identify the authors of scientific findings and their interpretation, and consequently to establish resource allocation, funding attribution, career progression and make hiring decisions. The Authorship and Conflicts of Interest seminar will provide essential information on the proper attribution of authorship, based on community-accepted rules and the current Ospedale San Raffaele and Università Vita-Salute San Raffaele guidelines for research integrity, and a breakdown of the responsibilities and rights associated with authorship. The seminar will also cover information on recognizing and dealing with financial and non-financial conflicts of interest in research.
The term “Open Science” indicates both the movement and the initiatives aimed at enabling full sharing of data and other results of scientific enquiry among peers and the other publics. Open Science therefore includes transparency in experimental methodology and in the observation, collection and publication of data, public availability and reusability of scientific data and finally, the widespread use of web-based tools to facilitate scientific dissemination, collaboration and outreach. The Open Science and Data Sharing seminar aims to provide basic knowledge on the burgeoning Open Science movement including the benefits and challenges of data sharing.
How to peer review scientific papers
The course offers a complete review of the mechanism of peer review (peer review) underlying the evaluation of the quality and merit of scientific manuscripts in order to obtain publication. The different approaches, methodologies and techniques of writing, ethical aspects, personal responsibilities and conflicts of interest will be presented and discussed. The course will also illustrate the editorial process and new models of scientific publishing.
Statistical Methods in Biomedical Research
The course provides basic and advanced concepts for the collection, organization, and statistical analysis of data in the biomedical sciences. The course is divided into three modules:
Module 1 – Database construction and example description;
Module 2 - Inferential Statistics: from unchanged to multiple analysis;
Module 3 - Advanced statistical topics.
Participation in modules not by year of enrollment but by skills. A preliminary evaluation test is carried out online
Open Science in practice: principles and tools for open access to scientific publications and research data
The Open Science approach includes all practices that promote accessibility and transparency at all levels of the research project lifecycle (data, methods, and publication). After discussing the core concepts and principles in Open Science, the course will provide practical information, guidelines and tools on how to make scientific publications and research data open to guarantee transparency, reproducibility and societal utility of scientific research.
Statistical methods in R
The course covers practical topics in coding with R. R is a language and environment for statistical computing and graphics. R provides a wide variety of statistical (linear and nonlinear modelling, classical statistical tests, time-series analysis, classification, clustering, …) and graphical techniques, and is highly extensible. One of R’s strengths is the ease with which well-designed publication-quality plots can be produced.
The aim of the course is to show how R coding can be used to solve common issues encountered by neuroscientists.
The course will have a practical and interactive layout, with learning achieved mainly through presentation of real-life problems and solutions via hands-on activities
PhD students-invited lectures
Career opportunities seminar series